从20世纪90年代开始，全国高校理科化学教学改革进入实质性阶段，根据我国大学本科培养目标的变化，提出了理科化学教学改革的主要思想：拓宽基础、加强素质教学和能力培养、重视实验教学。为此应减少授课学时，取消专门化课和实验；并制定“化学（应用化学）专业教学基本内容”和“化学（应用化学）专业实验教学基本内容”；提倡多种形式的化学专业基础课体系并存以适应我国市场经济的发展。

几十年来我国化学基础课（包括实验）体系是“四大化学”即“无机化学”、“分析化学”、“有机化学”和“物理化学”，该体系中四门基础课分别依托十九世纪末形成的四个二级学科。但由于科学的发展和交叉，更由于本科教学思想的改变，该体系有许多可以改进之处。1996年南京大学、复旦大学、浙江大学、苏州大学等十九所学校开始酝酿和论证新的化学基础课体系，而“化学原理”是该体系中的第一门课程。具体的改革方案是：

    对比两个体系，新体系有如下几个特点：

　　1，教学思想发生转变:原体系先讲授无机化学、分析化学和有机化学，再讲物理化学和结构化学，而近代谱学分散于各课程中，新体系先讲原理和谱学，后讲无机化学和有机化学，提高了学生的认知水平，避免了同层次、低水平的重复。

　　2，加强了基础理论内容，如谱学、化学原理、结构与材料等。

　　3，引入了化学发展的热点：生物化学、材料化学、高分子化学等。

　　4，精简了学时。

　　5，新体系将实验作为一门独立的课程，按化学一级学科开设“实验化学”。

“化学原理”课程于1998年在南京大学基础学院开始试行，在8年多时间的教学实践中，对课程内容逐步进行了优化，教材经过数次修改，列入高教出版社“十五”出版计划，现已付梓印刷。同时，通过对本门课程的建设，还培养和健全了一支业务水平优秀、学历层次高、热心基础课工作的教学队伍。另外，后续课程如谱学原理、有机化学、结构与材料和相关的实验课程等，也已在基础学院开设，从而构成了完整的全新的化学基础课程体系。